Behalve de Nederlandse en de Scouting Nederland vlag worden er soms binnen het waterwerk ook nog andere vlaggetjes gebruikt. Binnen de groepen zijn dat de stuurmans- en schippervlaggetjes. Het stuurmansvlaggetje is rood, vergelijkbaar met de bijbehorende rode schouderlinten. Het schippersvlaggetje is groen, vergelijkbaar met de groene schouderlinten.
Deze twee vlaggetjes worden op verschillende manieren gebruikt. Tijdens het openen kunnen de vlaggetjes worden gehesen in een extra vlaggenlijn. Voor elke aanwezige schipper dan wel stuurman wordt een vlaggetje gehesen, zoals hier te zien is bij de Marco Polo groep. Hier is dus 1 schipper en 3 stuurman/vrouw aanwezig.

De schippers en of stuurmansvlaggetjes kunnen ook worden gebruikt op het water. Aan boord van de leidingvlet / motorboot bijvoorbeeld kan door middel van de vlaggetjes worden aangegeven wie er aan boord is. Dit kan vooral handig zijn bij het meevaren met een bak. Dan is snel te zien waar de vlet is met de leiding aan boord. Hier is een foto van een vlaggenmastje op de motorboot van de JCW-Medo groep uit Dordrecht.

Vergelijkbare vlaggen zijn er ook op admiraliteits- en landelijke niveau. Hieronder een overzicht van de gebruikelijke vlaggen binnen de admiraliteit:

Sommige admiraliteiten hebben ook een eigen vlag. Zo heeft bijvoorbeeld admiraliteit 14 een witte vlag met rode streep.
© Waterscouting.com